管理科学与工程一级学科科学硕士，设置有四个二级学科。即：

（一）管理科学

管理科学理论与方法

供应链管理优化

经济组织管理与优化

金融工程

产业组织理论

（二）信息管理与电子商务

信息系统战略与管理

管理决策与商务智能

ASP与IT外包管理

协同商务理论与模式

先进制造管理

（三）工业工程

生产及制造系统工程

服务运作管理

可靠性与质量工程

人因工程

运筹与运作管理

（四）物流与供应链管理

物流系统规划与设计

物流企业运作管理

物流管理定量分析与决策技术

供应链系统优化与仿真

运筹与运作管理